每个行业在实施ERP软件时都面临着一系列挑战。也许在医疗保健行业中发现了最独特，最引人注目的实施问题，在这里，引入新软件可能意味着每个患者的福祉至少在某种程度上取决于电子数据库。

从纸质记录到全电子数据库的转换对于任何组织来说都不容易。就像ERP实施一样，采用新的EHR系统也需要集成，自定义，应急计划以及对组织变更管理的仔细关注。

以下是EHR系统提出的四个挑战，可以通过承认从其他行业的大规模实施中汲取的经验教训来克服每个挑战：

1. 与ERP软件一样，跨地点和部门的不同的EHR系统必须正确集成，以便在所有记录中维护“真实的一个版本”。精确度在医疗保健中尤其重要，因为医生必须开出正确的治疗方法和药物。剂量的微小变化可能对患者有害。

2. 一些医生抱怨电子病历系统难以使用。掌握新系统非常耗时，以至于有时医生不得不为更少的患者提供服务。包含大量最终用户培训的组织变更管理计划可以缓解此问题，并使所有潜在利益相关者满意。

3. EHR系统与任何ERP系统一样容易遭受IT故障。组织应确保备份数据，并且所有部门都准备在必要时恢复为纸质记录。分阶段推出是另一种预防措施，可以帮助解决整个组织生产力降低之前的故障。

4. 由于每个患者都有独特的需求，因此EHR系统可能需要大量定制。在决定要定制哪些流程之前，组织应先进行业务流程再造和优化效率低下的流程，然后再定制软件以适应那些效率低下的问题。

尽管电子病历系统实施不善会带来风险，但潜在的好处也不容忽视。电子健康记录可以使患者的病史更容易获得，并可以减少与混乱的文书工作和难以辨认的笔迹有关的错误。但是，要实现这些好处，就需要与推动ERP在其他行业取得成功的决心相同。医疗保健行业是独特的，但实施的基本原则仍然适用。